A partir de 2009, o Campeonato Brasileiro da Série C será disputado por apenas 20 clubes. Os vnte participantes da Série C 2009 são os quatro rebaixados da Série B 2008, e mais os clubes classificados entre a 5a. e a 20a. colocações da Série C 2008 - ou seja, os dezesseis times classificados para a terceira fase da Série C 2008 (exceto aqueles que conquistaram o acesso à Série B), mais as quatro equipes com a melhor campanha entre as eliminadas na segunda fase (considerada apenas esta fase).

Os clubes foram divididos em quatro grupos de 5, por critérios geográficos. Na primeira fase, haverá jogos de ida e volta dentro dos grupos, entre os dias 24 de maio e 02 de agosto. Os dois primeiros colocados de cada grupo se classificam para as quartas-de-final, e a partir desta fase haverá confrontos eliminatórios em ida e volta. As finais estão marcadas para os dias 13 e 20 de novembro. Os quatro semifinalistas sobem para a Série B, e o último colocado de cada grupo da prmeira fase será rebaixados para a Série D de 2010.

Abaixo, a relação de clubes participantes da Série C 2009: