O Campeonato Brasileiro da Série C terá o mesmo numero de participantes de 2005: 64 clubes, representando todos os 26 estados do Brasil e o Distrito Federal. Os seis clubes rebaixados da Série B em 2005 têm vaga garantida, e as demais 57 vagas foram distribuídas entre os estados de acordo com o ranking da CBF. Todos os clubes se classificaram à Série C por critérios técnicos, ou pela colocação no campeonato estadual ou pela disputa de um torneio seletivo.

Abaixo, a relação dos participantes já definidos para a Série C 2006. Os times marcados com um asterisco (*) têm as suas despesas de viagem e hospedagem bancadas pela CBF.

Estado	Clube	Como se classificou
Acre	ADESG *	campeão estadual
	O Acre teria direito a uma segunda vaga, mas nenhum clube se interessou em participar da Série C.
Alagoas	Coruripe *	campeão estadual
	CSA	vice-campeão estadual
Amapá	Amapá *	vice-campeão estadual 2005
Amazonas	Fast Club *	vice-campeão estadual 2006
	Rio Negro	3o. colocado do estadual
Bahia	Vitória *	rebaixado em 2005
	Bahia *	rebaixado em 2005
	Colo-Colo *	campeão estadual
	Ipitanga	4o. colocado no estadual
Ceará	Icasa *	3o. colocado do estadual
	Ferroviário	4o. colocado do estadual
Distrito Federal	Luziânia *	3o. colocado do estadual
	Ceilândia	4o. colocado do estadual
Espírito Santo	Vitória-ES *	campeão estadual
	Estrela do Norte	vice-campeão estadual
Goiás	Anapolina *	rebaixado em 2005
	Atlético-GO *	vice-campeão estadual 2006
	Jataiense	5o. colocado do estadual
Maranhão	Maranhão *	campeão da Copa São Luís
	Imperatriz	vice-campeão da Copa São Luís
Mato Grosso	Operário-MT *	campeão estadual / campeão da Copa Governador 2005
	Mixto	vice-campeão da Copa Governador 2005
Mato Grosso do Sul	Coxim *	campeão estadual
	Chapadão	vice-campeão estadual
Minas Gerais	Ipatinga *	vice-campeão estadual 2006
	América-MG	4o. colocado do estadual
	Ituiutaba	5o. colocado do estadual
Pará	Ananindeua *	vice-campeão estadual 2006
	Tuna Luso	10o. colocado no estadual 2006
	A Tuna Luso foi o único clube que se interessou em substituir o Castanhal, 4o. colocado do estadual, que abriu mão de sua vaga.
Paraíba	Treze *	campeão estadual
	Botafogo	vice-campeão estadual
Paraná	ADAP *	vice-campeão estadual 2006
	Rio Branco-PR	4o. colocado no estadual
	J.Malucelli	6o. colocado no estadual
Pernambuco	Ypiranga-PE *	3o. colocado no estadual
	Porto	5o. colocado no estadual
Piauí	Ríver *	campeão da Copa Piauí
	Flamengo-PI	vice-campeão da Copa Piauí
Rio de Janeiro	Madureira *	vice-campeão estadual 2006
	América-RJ	3o. colocado no estadual
	Cabofriense	4o. colocado no estadual
	Americano	5o. colocado no estadual
Rio Grande do Norte	Baraúnas *	campeão estadual 2006
	Potiguar/M	vice-campeão estadual 2006
Rio Grande do Sul	Caxias *	rebaixado em 2005
	Novo Hamburgo *	campeão Copa BIG/Brasil Telecom GSM 2005
	Ulbra	vice-campeão Copa Emídio Perondi 2006
	Brasil de Pelotas	3o. colocado Copa Emídio Perondi 2006
	15 de Novembro, campeão Copa Emídio Perondi 2006, e São José/POA, 5o. colocado no estadual, abriram mão de suas vagas. Veranópolis e Santa Cruz, respectivamente 6o. e 8o. colocados no estadual, não se interessaram em participar da competição.
Rondônia	Ulbra-RO *	campeão estadual
Roraima	São Raimundo-RR *	vice-campeão estadual
São Paulo	União Barbarense *	rebaixado em 2005
	Noroeste *	4o. colocado no estadual
	Rio Branco	7o. colocado no estadual
	Juventus	8o. colocado no estadual
	América-SP	10o. colocado no estadual
	Grêmio Barueri	3o. colocado da Copa FPF 2005
	O Rio Claro, vice-campeão da Copa FPF 2005, que teria direito a uma vaga, desistiu de participar da competição e foi substituído pelo Grêmio Barueri.
Santa Catarina	Criciúma *	rebaixado em 2005
	Joinville *	vice-campeão estadual 2006
	Marcílio Dias	vice-campeão da Série A2 2005
Sergipe	Pirambu *	campeão estadual
	Confiança	vice-campeão estadual
Tocantins	Araguaína *	vice-campeão estadual 2005