O Campeonato Brasileiro da Série D terá a participação de 40 equipes, representando todos os 26 estados do Brasil e o Distrito Federal. Todos os participantes da Série D são definidos por critérios técnicos. A distribuição destas vagas entre os estados é definida conforme o Ranking Nacional de Federações da CBF. Os quatro primeiros colocados (São Paulo, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e Minas Gerais) têm direito a três vagas; os cinco subseqüentes (Paraná, Pernambuco, Bahia, Goiás e Santa Catarina) têm duas vagas, e os demais 18 estados, apenas uma vaga. Estas vagas são dadas aos clubes de melhor colocação nos campeonatos estaduais, à exceção dos clubes que disputarão as séries A, B ou C. (Em alguns estados ue têm direio a mais de um participante, uma segunda competição estadual (como a Copa Paulista ou a Taça Minas Gerais) pode ser utilizada para definir um dos participantes da Série D, a critério da federação local.

Na primeira fase, os 40 times serão divididas em 10 grupos de 4 equipes, definidos por critérios geográficos. Os times jogam dentro de seus grupos em dois turnos, e os dois primeiros colocados de cada grupo se classificam à segunda fase. A partir da segunda fase, as equipes se enfrentarão em jogos eliminatórios de ida e volta ("mata-mata") até que seja conhecido o campeão. Os quatro primeiros colocados - ou seja, os times que chegarem à fase semifinal - serão promovidos à Série C de 2010.

Abaixo, a relação dos participantes da Série D 2009.

Estado	Clube	Como se classificou
Acre	Nenhum clube se interessou em participar.
O Rio Branco disputará a Série C.
Alagoas	CSA	9o. colocado no estadual
ASA e CRB disputarão a Série C.
O CSA foi o único clube a se inscrever para a competição.
Amapá	Cristal	campeão estadual 2008
Amazonas	Nacional-AM	campeão do 1o. turno do estadual
Bahia	Fluminense-BA	3o. colocado no estadual
	Atlético-BA	4o. colocado no estadual
O Vitória disputará a Série A.
O Bahia disputará a Série B.
Ceará	Ferroviário	3o. colocado do estadual
Ceará e Fortaleza disputarão a Série B.
O Icasa disputará a Série C.
Distrito Federal	Brasília	vice-campeão estadual
O Brasiliense disputará a Série B.
O Gama disputará a Série C.
Espírito Santo	São Mateus ou Rio Branco-ES	campeão estadual
Goiás	CRAC	4o. colocado no estadual
	Anapolina	8o. colocado no estadual
O Goiás disputará a Série A.
Atlético e Vila Nova disputarão a Série B.
Itumbiara, Santa Helena e Trindade (3o., 5o. e 6o. colocados no estadual) abriram mão de participar.
Maranhão	Moto Club	campeão estadual 2008
O Sampaio Corrêa disputará a Série C.
Mato Grosso	Araguaia	campeão da Copa Governador 2008
Mato Grosso do Sul	Naviraiense	campeão da 1a fase do estadual
Minas Gerais	Tupi	campeão da Taça MG 2008
	Uberaba	7o. colocado no estadual
	Uberlândia	9o. colocado no estadual
Atlético e Cruzeiro disputarão a Série A.
O Ipatinga disputará a Série B.
América e Ituiutaba disputarão a Série C.
Rio Branco e Democrata/GV, 3o. e 5o. colocados no estadual, abriram mão da Série D.
Pará	São Raimundo-PA	vice-campeão estadual
Paraíba	Treze	vice-campeão estadual
O Campinense disputará a Série C.
O Sousa, campeão estadual, desistiu de participar.
Paraná	J.Malucelli	vice-campeão estadual
	Londrina	campeão da Copa Paraná 2008
Atlético e Coritiba disputarão a Série A.
O Paraná disputará a Série B.
Pernambuco	Santa Cruz	3o. colocado no estadual
	Central	6o. colocado no estadual
Náutico e Sport disputarão a Série A.
O Salgueiro disputará a Série C.
O Porto, 5o. colocado do estadual, desistiu de participar.
Piauí	Flamengo-PI	campeão estadual
Rio de Janeiro	Macaé Esporte	5o. colocado no estadual
	Friburguense	7o. colocado no estadual
	Madureira	3o. colocado na Copa Rio 2008
Botafogo, Flamengo e Fluminense disputarão a Série A.
Duque de Caxias e Vasco disputarão a Série B.
O Bangu, 6o. colocado do estadual, desistiu de participar.
O Nova Iguaçu, campeão da Copa Rio 2008, desistiu de participar da Copa do Brasil. O Americano, vice-campeão, disputa a Copa do Brasil, e a vaga na Série D ficou com o 3o colocado da competição.
Rio Grande do Norte	Alecrim	8o. colocado no estadual
ABC e América disputarão a Série B.
O Alecrim foi o único clube a se interessar pela disputa.
Rio Grande do Sul	Ypiranga-RS	3o. colocado do estadual
	São José/POA	9o. colocado no estadual
	Pelotas	campeão da Copa FGF 2008
Grêmio e Inter disputarão a Série A.
O Juventude disputará a Série B.
Brasil de Pelotas e Caxias disputarão a Série C.
Veranópolis, Santa Cruz e Ulbra, 4o., 5o. e 6o. colocados no estadual, abriram mão das vagas a que teriam direito.
Rondônia	Genus	vice-campeão estadual
O Vilhena, campeão estadual, desistiu de participar.
Roraima	Atlético Roraima	campeão estadual
São Paulo	Mirassol	7o. colocado no estadual
	Paulista	12o. colocado no estadual
	Ituano	13o. colocado no estadual
Corinthians, Palmeiras, Grêmio Barueri, Santo André, Santos e São Paulo disputarão a Série A.
Bragantino, Guarani, Ponte Preta, Portuguesa e São Caetano disputarão a Série B.
Marília e Guaratinguetá disputarão a Série C.
Santa Catarina	Chapecoense	vice-campeã estadual
	Brusque	campeão da Copa Santa Catarina 2008
O Avaí disputará a Série A.
O Figueirense disputará a Série B.
Criciúma e Marcílio Dias disputarão a Série C.
Sergipe	Sergipe	vice-campeão estadual
O Confiança disputará a Série C.
Tocantins	Tocantins/P	campeão estadual 2008