A Copa Santander Libertadores 2009 terá 38 participantes, assim como ocorre desde 2005. 26 equipes se classificam diretamente para a fase de grupos: quatro de Argentina e Brasil e dois de Bolívia, Chile, Colômbia, Equador (incluindo a LDU Quito, atual campeã do torneio), México, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela. Outros doze times (dois equatorianos e mais um time de cada um dos demais dez países) terão de passar por uma fase preliminar para chegarem à fase principal da competição.

Cada país da América do Sul tem um formato próprio para o(s) seu(s) campeonato(s) nacional(is), com seus critérios próprios de classificação para os torneios continentais. Argentina, México, Uruguai e Venezuela adotam o calendário europeu, com a temporada começando em julho/agosto e terminando em junho do ano seguinte. Acompanhar a progressão da lista de participantes da Libertadores é uma tarefa ingrata, mas é o que tentamos fazer aqui, mantendo esta relação sempre atualizada.

Abaixo, a relação das equipes classificadas para a Copa Santander Libertadores 2009.

País	Clube	Como se classificou
Argentina	Lanús	campeão Torneo Apertura 2007
	River Plate	campeão Torneo Clausura 2008
	Boca Juniors	campeão Torneo Apertura 2008
	San Lorenzo	2a. melhor pontuação Ape'07+Cla'08+Ape'08
	Estudiantes *	3a. melhor pontuação Ape'07+Cla'08+Ape'08
Bolívia	Universitario de Sucre	Campeão Torneo Apertura 2008
	Aurora	Campeão Torneo Clausura 2008
	Real Potosí *	vencedor do play-off seletivo
Brasil	Sport Recife	campeão Copa do Brasil 2008
	São Paulo	Campeão Brasileiro 2008
	Grêmio	Vice-campeão Brasileiro 2008
	Cruzeiro	3o. colocado Brasileiro 2008
	Palmeiras *	4o. colocado Brasileiro 2008
Chile	Everton	Campeão Torneos Apertura 2008
	Colo Colo	Campeão Torneo Clausura 2008
	Universidad de Chile *	melhor campanha 1a. fase Clausura 2008
Colômbia	Boyacá Chicó	Campeão Copa Mustang I 2008
	América de Cali	Campeão Copa Mustang II 2008
	Independiente Medellín *	melhor pontuação na temporada 2008
Equador	LDU Quito	campeão da Libertadores 2008
	Deportivo Quito	Campeão Equatoriano 2008
	Deportivo Cuenca *	3o. colocado Equatoriano 2008
	El Nacional *	4o. colocado Equatoriano 2008
México	San Luís	Melhor campanha na 1a fase Apertura 2008
	Chivas Guadalajara	Campeão Torneo Interliga 2009
	Pachuca *	Vice-campeão Torneo Interliga 2009
Paraguai	Libertad	Campeão Torneos Apertura e Clausura 2008
	Guaraní-PAR	2a. melhor pontuação na temporada 2008
	Nacional-PAR *	3a. melhor pontuação na temporada 2008
Peru	Universitário	Campeão Torneo Apertura 2008
	Universidad San Martín	Campeão Torneo Clausura 2008
	Sporting Cristal *	Melhor pontuação na temporada 2008
Uruguai	Defensor Sporting	Campeão Uruguaio 2007/08
	Nacional	Campeão Liguilla 2008
	Peñarol *	Vice-campeão Liguilla 2008
Venezuela	Deportivo Táchira	Campeão Venezuelano 2007/08
	Caracas	Vice-campeão Venezuelano 2007/08
	Deportivo Anzoátegui *	3o. colocado Venezuelano 2007/08
* - Equipes classificadas para a Fase Preliminar.