Os critérios de classificação para a Copa do Brasil 2009 serão os mesmos das temporadas anteriores: 54 vagas serão distribuídas entre os estados de acordo com o Ranking Nacional de Federações da CBF. Os cinco primeiros colocados (São Paulo, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul, Minas Gerais e Paraná) têm direito a três vagas; os cinco últimos (Acre, Rondônia, Tocantins, Amapá e Roraima) têm apenas uma vaga e os demais 17 estados, duas vagas. Estas vagas são dadas aos clubes de melhor colocação nos campeonatos estaduais. Em alguns estados é realizada uma segunda competição estadual (como a Copa FPF, em São Paulo) que pode classificar o seu campeão para a Copa do Brasil, a critério da federação local.

As equipes que se classificarem para a Copa Santander Libertadores mais uma vez ficarão de fora da Copa do Brasil, pois as duas competições utilizarão as mesmas datas.

Abaixo, os primeiros colocados do ranking da CBF, conforme publicado em 12 de dezembro de 2008.

Ranking da CBF 2007
1.	Grêmio ²	2.039
2.	Corinthians	1.998
3.	Vasco	1.981
4.	Flamengo ¹	1.974
5.	São Paulo ²	1.939
6.	Atlético-MG ¹	1.922
7.	Palmeiras ¹²	1.900
8.	Internacional ¹	1.863
9.	Cruzeiro ¹²	1.834
10.	Santos	1.695
11.	Fluminense	1.608
12.	Botafogo ¹	1.567
13.	Guarani	1.429
14.	Goiás ¹	1.423
15.	Sport Recife ¹²	1.422
16.	Coritiba ¹	1.419
17.	Portuguesa	1.329
18.	Bahia ¹	1.287
19.	Atlético-PR ¹	1.270
20.	Vitória ¹	1.238
21.	Santa Cruz	1.134
22.	Náutico ¹	1.132
23.	Paraná	1.011
24.	Ponte Preta ¹	989
25.	Ceará	965
26.	Remo ¹	850
27.	Juventude ¹	839
28.	Criciúma ¹	685
	Fortaleza ¹	685
30.	América-RN	677
31.	Paysandu	642
32.	Londrina	629
33.	Joinville	583
¹ - Clubes classificados através dos estaduais.
² - Clubes classificados para a Copa Santander Libertadores.

[link] - Veja o ranking completo, no site oficial da CBF.

EQUIPES CLASSIFICADAS PELOS ESTADUAIS

Estado	Clube	Como se classificou
Acre	Rio Branco	campeão estadual 2008
Alagoas	CSA	campeão estadual 2008
	ASA	vice-campeão estadual 2008
Amapá	Cristal	campeão estadual 2008
Amazonas	Holanda	campeão estadual 2008
	Fast Clube	vice-campeão estadual 2008
Bahia	Vitória	campeão estadual 2008
	Bahia	vice-campeão estadual 2008
Ceará	Fortaleza	campeão estadual 2008
	Icasa	vice-campeão estadual 2008
Distrito Federal	Brasiliense	campeão estadual 2008
	Dom Pedro II	vice-campeão estadual 2008
Espírito Santo	Serra	campeão estadual 2008
	Desportiva Capixaba	campeão da Copa ES 2008
Goiás	Itumbiara	campeão estadual 2008
	Goiás	vice-campeão estadual 2008
Maranhão	Moto Club	campeão estadual 2008
	Sampaio Corrêa	vice-campeão estadual 2008
Mato Grosso	Mixto	campeão estadual 2008
	União-MT	vice-campeão estadual 2008
Mato Grosso do Sul	Ivinhema	campeão estadual 2008
	Misto de Três Lagoas	vice-campeão estadual 2008
Minas Gerais	Atlético-MG	vice-campeão estadual 2008
	Tupi	3o. colocado no estadual e campeão da Taça Minas Gerais 2008
	América-MG	vice-campeão Taça Minas Gerais 2008
O Cruzeiro, campeão estadual, disputará a Copa Santander Libertadores.
Pará	Remo	campeão estadual 2008
	Águia de Marabá	vice-campeão estadual 2008
Paraíba	Campinense	campeão estadual 2008
	Nacional de Patos	campeão da Copa Paraíba 2008
Paraná	Coritiba	campeão estadual 2008
	Atlético-PR	vice-campeão estadual 2008
	J. Malucelli	campeão da Copa Paraná 2007
Pernambuco	Náutico	vice-campeão estadual 2008
	Central	3o. colocado no estadual 2008
O Sport Recife, campeão estadual, disputará a Copa Santander Libertadores.
Piauí	Barras	campeão estadual 2008
	Flamengo-PI	campeão da Copa Piauí 2008
Rio de Janeiro	Flamengo	campeão estadual 2008
	Botafogo	vice-campeão estadual 2008
	Americano	vice-campeão da Copa Rio 2008
O Nova Iguaçu, campeão da Copa Rio 2008, abriu mão de sua vaga.
Rio Grande do Norte	ABC	campeão estadual 2008
	Potiguar/M	vice-campeão estadual 2008
Rio Grande do Sul	Internacional	campeão estadual 2008
	Juventude	vice-campeão estadual 2008
	Pelotas	campeão da Copa Lupi Martins 2008
Rondônia	Vilhena	vice-campeão estadual 2008
A Ulbra-RO, campeã estadual, encerrou suas atividades.
Roraima	Atlético Roraima	campeão estadual 2008
São Paulo	Ponte Preta	vice-campeão estadual 2008
	Guaratinguetá	4o. colocado no estadual 2008
	Atlético Sorocaba	campeão da Copa FPF 2008
Palmeiras e São Paulo, campeão estadual e 3o. colocado, disputarão a Copa Santander Libertadores.
Santa Catarina	Figueirense	campeão estadual 2008
	Criciúma	vice-campeão estadual 2008
Sergipe	Confiança	campeão estadual e da Copa Governador 2008
	Itabaiana	vice-campeão da Copa Governador 2008
Tocantins	Tocantins/P	campeão estadual 2008