Os critérios de classificação para a Copa do Brasil 2009 serão os mesmos das temporadas anteriores: 54 vagas serão distribuídas entre os estados de acordo com o Ranking Nacional de Federações da CBF. Os cinco primeiros colocados (São Paulo, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul, Minas Gerais e Paraná) têm direito a três vagas; os cinco últimos (Acre, Rondônia, Tocantins, Amapá e Roraima) têm apenas uma vaga e os demais 17 estados, duas vagas. Estas vagas são dadas aos clubes de melhor colocação nos campeonatos estaduais. Em alguns estados é realizada uma segunda competição estadual (como a Copa FPF, em São Paulo) que pode classificar o seu campeão para a Copa do Brasil, a critério da federação local.

As equipes que se classificarem para a Copa Santander Libertadores devem mais uma vez ficar de fora da Copa do Brasil, pois as duas competições utilizarão as mesmas datas.

Abaixo, os trinta primeiros colocados do ranking da CBF, conforme publicado em 13 de dezembro de 2007.

Ranking da CBF 2007
1.	Grêmio	1.978
2.	Corinthians	1.938
3.	Vasco	1.928
4.	Flamengo ¹	1.918
5.	São Paulo	1.879
6.	Atlético-MG ¹	1.868
7.	Palmeiras ¹	1.840
8.	Internacional ¹	1.803
9.	Cruzeiro ¹	1.776
10.	Santos	1.649
11.	Fluminense	1.561
12.	Botafogo ¹	1.503
13.	Guarani	1.409
14.	Goiás ¹	1.367
15.	Coritiba ¹	1.365
16.	Sport Recife ¹	1.342
17.	Portugesa	1.284
18.	Bahia ¹	1.255
19.	Atlético-PR ¹	1.221
20.	Vitória ¹	1.185
21.	Santa Cruz	1.132
22.	Náutico ¹	1.084
23.	Paraná	978
24.	Ponte Preta ¹	947
25.	Ceará	936
26.	Remo	848
27.	Juventude ¹	803
28.	Criciúma ¹	659
29.	Fortaleza ¹	658
30.	América-RN	651
¹ - Clubes classificados através dos estaduais.
² - Clubes classificados para a Copa Santander Libertadores.

[link] - Veja o ranking completo, no site oficial da CBF.

EQUIPES CLASSIFICADAS PELOS ESTADUAIS

Estado	Clube	Como se classificou
Acre	Rio Branco ou Juventus	campeão estadual 2008
Alagoas	CSA	campeão estadual 2008
	ASA	vice-campeão estadual 2008
Amapá		campeão estadual 2008
Amazonas	Holanda	campeão estadual 2008
	Fast Clube	vice-campeão estadual 2008
Bahia	Vitória	campeão estadual 2008
	Bahia	vice-campeão estadual 2008
Ceará	Fortaleza	campeão estadual 2008
	Icasa	vice-campeão estadual 2008
Distrito Federal	Brasiliense	campeão estadual 2008
	Dom Pedro II	vice-campeão estadual 2008
Espírito Santo	Serra	campeão estadual 2008
		campeão da Copa ES 2008
Goiás	Itumbiara	campeão estadual 2008
	Goiás	vice-campeão estadual 2008
Maranhão		finalista do estadual 2008
		finalista do estadual 2008
Mato Grosso	Mixto	campeão estadual 2008
	União-MT	vice-campeão estadual 2008
Mato Grosso do Sul		finalista do estadual 2008
		finalista do estadual 2008
Minas Gerais	Cruzeiro	campeão estadual 2008
	Atlético-MG	vice-campeão estadual 2008
		campeão da Taça Minas Gerais 2008
Pará	Águia de Marabá	finalista do estadual 2008
		finalista do estadual 2008
Paraíba	Campinense	campeão estadual 2008
		campeão da Copa Paraíba 2008
Paraná	Coritiba	campeão estadual 2008
	Atlético-PR	vice-campeão estadual 2008
	J. Malucelli	campeão da Copa Paraná 2007
Pernambuco	Sport Recife	campeão estadual 2008
	Náutico	vice-campeão estadual 2008
Piauí	Barras ou Picos	campeão estadual 2008
		campeão da Copa Piauí 2008
Rio de Janeiro	Flamengo	campeão estadual 2008
	Botafogo	vice-campeão estadual 2008
	Nova Iguaçu ou Americano	campeão da Copa Rio 2008
Rio Grande do Norte	ABC	campeão estadual 2008
	Potiguar/M	vice-campeão estadual 2008
Rio Grande do Sul	Internacional	campeão estadual 2008
	Juventude	vice-campeão estadual 2008
		campeão da Copa FGF 2008
Rondônia	Ulbra	campeão estadual 2008
Roraima		campeão estadual 2008
São Paulo	Palmeiras	campeão estadual 2008
	Ponte Preta	vice-campeão estadual 2008
		campeão da Copa FPF 2008
Santa Catarina	Figueirense	campeão estadual 2008
	Criciúma	vice-campeão estadual 2008
Sergipe	Confiança	campeão estadual 2008
		campeão da Copa Governador 2008
Tocantins		campeão estadual 2008